1900年大谷光瑞被派往欧洲考察宗教，见到斯文赫定等人中亚探险的成果，决定利用回国途中前往中亚探险。
第一次探险（1902—1904）由大谷光瑞率领，自伦敦出发，经撒马尔罕、浩罕，进入喀什噶尔。光瑞父亲去世临时赶回日本，另外两名队员渡边哲信和堀贤雄则前往和田、库车、吐鲁番等地，经西安回日本。
第二次探险（1908—1909）由橘瑞超和野村荣三郎前往，主要在吐鲁番、楼兰、库车等地发掘。
第三次探险（1910—1912、1911—1914）先由橘瑞超从伦敦前往吐鲁番、楼兰、和田等地，后派吉川小一郎前往，与橘瑞超在敦煌会合，分别从王道士及其他人手里买到一批敦煌写本并相关文物。
三次大谷探险队的收集品主要存放在神户郊外大谷光瑞的别墅二乐庄，部分寄存在帝国京都博物馆（后改称京都帝室博物馆、恩赐京都博物馆，今为京都国立博物馆）。1912年11月曾在二乐庄举办收集品展览。1915年将所得精品，影印刊布在《西域考古图谱》中。
1914年大谷光瑞辞掉宗主职位，大谷收集品随之分散，一部分随二乐庄卖给久原房之助，久原将这批收集品赠给了当时的朝鲜总督。这批藏品约有两千件，今藏汉城国立中央博物馆。大谷寄存在京都博物馆的部分，现入藏东京国立博物馆。大部分收集品在1915年至1916年之间运到旅顺，后寄存关东厅博物馆（旅顺博物馆），曾编有简目，与探险队员的部分日记一起，发表在《新西域记》中。
这批敦煌写经有639件，是日本大谷探险队成员橘瑞超和吉川小一郎所获敦煌汉藏文写本。1951年中国政府接收此馆时，已经遗失9件，有一件后入藏日本天理图书馆。1954年，文化部又将620件移交中国国家图书馆收藏。旅顺博物馆目前保存9件。
此外，又有大量大谷收集品运回京都，1948年大谷光瑞去世后，在西本愿寺发现从大连运回的两个木箱，内有大量经卷，后捐赠龙谷大学图书馆。
流失日本的西域、敦煌经卷，因当时探险队的几名队员，皆无图书馆学基本常识，因此未对每件文书作出详细记录、分类，以至于现在无法细分，而统称为“西域、敦煌经卷”。
目前，已知的日本公家馆藏大致如下：
东京国立博物馆
该馆收藏有部分敦煌、吐鲁番等地出土的文物共14件。
来源有三：
(1)大谷探险队收集品的一部分，1910年曾寄存在京都市恩赐博物馆(现京都国立博物馆)。第二次世界大战末期的1944年归东京人木村贞造所有，后被日本文化财保护委员会收购，于1967年移交东京国立博物馆收藏，藏品目录及图版见该馆编《东京国立博物馆图版目录·大谷探险队将来品篇》(1971)。其中主要是新疆发现的美术资料。
(2)通过馆际交换，入藏几幅集美博物馆旧藏的伯希和所获敦煌绢画。
(3)收购的敦煌写本散件，如罗振玉旧藏《刘子》残卷等。
京都国立博物馆
该馆收藏的敦煌写经，是守屋孝藏和松本文三郎捐赠的藏品，共有72件，大多据称旧为李盛铎(木斋)藏卷，有关这批写经的解题目录和部分图版，已收入京都国立博物馆编印的《守屋孝藏氏蒐集古经图录》。另外，该馆还藏有松本收集品(即松本文三郎收集品)共四卷五种文献，原为大谷探险队在库车和吐鲁番发现品，部分图版已见于《西域考古图谱》。
国会图书馆
藏有48件敦煌文献，有汉文、西夏文、藏文等多种写本。浜田捐赠品。
龙谷大学图书馆
藏有大谷探险队收集品。来源有三：
(1)1948年京都西本愿寺门主大谷光照将装有大谷探险队收集品的两个木箱，移交龙谷大学图书馆保存，其中包括敦煌写本、吐鲁番等地出土文书、绢画、丝织品等资料。
(2)大谷探险队所获部分敦煌写本，由于研究的需要，陆续捐赠给龙谷大学。
(3)探险队成员橘瑞超个人保存的6件敦煌写本，20世纪50年代捐给龙谷大学。此外，还有从其他途径购买的敦煌写本。共计65号，《西域文化研究》第一卷刊载《龙谷大学所藏敦煌古经现存目录》，公布其馆藏目录。该馆所藏的前凉《李柏尺牍稿》，是件特殊的文物，是大谷探险队第二次西域探险时在新疆塔里木河附近发现后掠走的。李柏在历史上有记载，是前凉王张骏的部下，官“西域长史关内侯”，王国维考证，这件尺牍在永和元年（345）以后，日本的西川宁考证为永和二年。王羲之的兰亭叙，是“永和九年”，差不多是一个时期，书体也非常相近，特别是与王羲之早年的《姨母帖》很像，这对当时的书法状况研究，有极为重要的资料价值、历史价值。
大谷大学
收藏有敦煌写经38件，其中34件是东本愿寺前法主句佛上人捐赠，3件是句佛上人之弟、晚年任大谷大学校长的大谷莹诚秃庵文库藏本，1件是原大谷大学教授舟桥水哉三舟文库旧藏本。野上俊静主编的《大谷大学所藏敦煌古写经》正续二册，收录三十八件写经的图版、解题和研究。
台东区立书道博物馆
所藏敦煌吐鲁番出土文献153件。
主要得自晚清新疆、甘肃两地官员王树枏、梁素文、何孝聪、孔宪廷等人的旧藏，部分得自在中国活动的日本人，如老田太文、日野强、胜山岳阳、江藤涛雄、田中庆太郎等人。中村不折著《禹域出土墨宝书法源流考》(1927)一书，从书法角度介绍过部分藏品，其中写经部分的精品，刊布在《书苑》第六卷九号和第七卷二号(1942—1943)西域写经特集中。吐鲁番文书部分由金祖同刊布在《流沙遗珍》(1940)一书中。有油印本《书道博物馆所藏经卷文书目录附解说》。
天理图书馆
第二次世界大战后，陆续购得一些敦煌文献共22件。
汉文有《论语》残片《诗经》两种《开蒙要训》《社司转帖》《张君义公验》三通《本草》等，藏文有《无量寿宗要经》，回鹘文有《增一阿含经》《缘起》《十王生七经》等，西夏文有《金光明最胜王经》等。其中既有敦煌出土的，也有黑水城之物。此外，还有宝胜如来佛画像一幅及汉文、西夏文写本插图数幅。这些文献出土的时间和地点，有清道光七年(1872)敦煌塔倒塌后的发现，也有张大千1941年在临摹壁画的洞窟积沙中挖出人头上的粘附。最后一批入馆的是1957年初从香港商人处购人张大千蒐集的敦煌文物；也有旅顺博物馆大谷文书散佚的部分及日本中村不折的旧藏品。该馆之部分藏品曾在馆刊《图书》和所编之《善本写真集》丛书中发表。
藤井有邻馆
所藏以书画、青铜器、佛像、古玺印闻名，也收藏敦煌、吐鲁番出土文书，系陆续收购所得，主要得自何彦昇、李盛铎旧藏，部分来自梁素文旧藏。内容有佛经、公私文书、文学作品、胡语写经等多种。饶宗颐《京部藤井氏有邻馆藏敦煌残卷纪略》(《选堂集林·史林》下)有简单记述。具体不详。
三井文库，藏有敦煌写经112件，多为张广建旧藏品。
大东急纪念文库，藏敦煌文献14件，来源不详。
唐招提寺，藏敦煌等古写经42件。部分是敦煌经卷，一说为27件，得自民间。
东京大学东洋文化研究所，藏11件，为民间捐赠。
九州大学，藏5件，购自田中三男郎。
白鹤美术馆，藏2件。
宁乐美术馆，藏2卷。
法隆寺，藏1卷。
和泉市久保惣纪念美术馆，藏1件。
五岛美术馆，藏有敦煌及古写经20件，其中敦煌写经数量不详。
凡此等等，数量当在700多件。其他私人藏品还有不少，很难统计。
1997年，著名日本书法家青山杉雨先生家属，遵照青山先生的遗愿，将他珍藏的8件敦煌经卷捐给了敦煌博物馆，这在历史上还是第一次，目前为止也只有这么一次，意义重大。根据青山先生家属、弟子及了解详情的西岛慎一先生回忆，这些敦煌遗书，大多数都是六七十年代购自东京的古旧书店、古董店。
流失日本的私人收藏，来历大多无法考证。民国以来，乃至文革以后的几十年间，一直有大量的书画、文物外流，据了解夹杂有一些敦煌经卷。因此，除了大谷探险队三次探险带走的西域、敦煌文书外，其他途径流失的经卷也很多。从上述公家藏品报告也可看出，大谷『探险队』之外的经卷为数不少
